Профсоюзная организация Финансового университета была создана с момента образования Московского финансового института (МФИ).
Профсоюзную организацию в разные годы возглавляли:
- 1946-1949 - председатель Семенков Владимир Никанорович;
- 1949-1951 - председатель Кадышев Лев Александрович, зам. председателя Щуров Борис Константинович;
- 1951-1953 - председатель Лисовский Вадим Иванович, зам. председателя Крючков Петр Семенович;
- 1953-1958 - председатель Азарх Моисей Рафаилович;
- 1958-1961 - председатель Крыженко Зоя Алексеевна;
- 1961-1963 - председатель Кугушев Николай Николаевич, зам. председателя Офицерова Мария Ивановна;
- 1963-1968 - председатель Латыфова Ирина Александровна;
- 1968-1970 - председатель Плохов Александр Александрович;
- 1970-1972 - председатель Рябикин Вадим Иванович;
- 1972-1975 председатель Грязнова Алла Георгиевна;
- 1975-1977 председатель Бард Владимир Семенович;
- 1977-1978 председатель Козлова Валентина Петровна;
- 1978-1986 председатель Кулинина Галина Васильевна;
- 1986-1989 председатель Гордиенко Алексей Всеволодович;
- 1989-2023 председатель Чернецова Елена Васильевна;
- С 2023 по настоящее время председатель Баранов Виктор Алексеевич.