Родился 28 февраля 1968 г. в г. Саратове.
В 1989 г. окончил Саратовский экономический институт, в 2003 г. – прошел профессиональную переподготовку в Академии народного хозяйства при Правительстве Российской Федерации.
С 1989 г. по 1996 г. работал на руководящих должностях в банковском, страховом, консалтинговом, инвестиционном бизнесе.
С 1996 г. по 1997 г. – заместитель Министра экономики и инвестиционной политики Правительства Саратовской области.
С 1997 г. по 1999 г. – заместитель начальника Главного управления Центрального банка Российской Федерации по Саратовской области.
С 1999 г. по 2004 г. возглавлял Управления федерального казначейства Минфина России по Саратовской и Московской областям.
С 2005 г. по 2021 г. – заместитель руководителя Федерального казначейства.
С 2012 г. по 2021 г. возглавлял кафедру «Государственное и муниципальное управление» Финансового университета при Правительстве Российской Федерации.
С 15 ноября 2021 г. назначен ректором Финансового университета при Правительстве Российской Федерации.
Автор более 200 опубликованных в России и за рубежом научных работ, в том числе учебников для студентов вузов, по различным аспектам проблем государственного управления и общественных финансов.
Деятельность Прокофьева С.Е. на всех постах отмечена почетными званиями и государственными наградами, включая ордена Почета и Дружбы, медаль ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени. Имеет награды федеральных органов исполнительной власти, субъектов Российской Федерации и иностранных государств.
Заслуженный экономист Российской Федерации.
Заслуженный деятель науки Российской Федерации.
Действительный государственный советник Российской Федерации 2 класса.
Почетный профессор Белорусского государственного экономического университета (БГЭУ).
Член коллегии Министерства финансов Российской Федерации.
Председатель общественного совета Федеральной налоговой службы Российской Федерации.
Член советов директоров (наблюдательных советов) акционерных обществ.