Центр программ магистратуры представляет собой структурное подразделение Института открытого образования, осуществляющее организацию учебного процесса обучающихся по программам магистратуры с применением электронного обучения и дистанционных образовательных технологий.
Центр контролирует организацию учебного процесса и учебно-методическое обеспечение образовательных программ магистратуры, реализуемых Институтом. Организует выполнение, на базе Института, проектных и научно-исследовательских работ обучающихся с целью освоения ими навыков и умений проведения научных исследований.
Сотрудники Центра взаимодействуют с обучающимися по вопросам реализации учебного процесса, научной деятельности и воспитательной работы, а также с филиалами и партнерами Финансового университета, высшими учебными заведениями, работодателями, профессиональными ассоциациями, региональными партнерами и выпускниками по вопросам создания онлайн-курсов и развития образовательных программ магистратуры.