​До объединения в Московский финансовый институт в структуре Московского финансово-экономического и Московского кредитно-экономического институтов функционировали кафедры военно-физкультурной подготовки, на которых в соответствии с программой Всевобуча проводились занятия по военной подготовке (стрелковая, строевая, тактическая подготовка, уставы Вооруженных Сил, местная противовоздушная оборона) и по физической подготовке.

Исходя из опыта Великой Отечественной войны, по финансовому обеспечению войск встала необходимость подготовки офицеров финансовой службы запаса, которые в случае необходимости могли быть призваны в Вооруженные Силы.

В соответствии с Постановлением СНК СССР от 13 января 1944 г. № 413 в МФЭИ и в МКЭИ с 1944/45 уч. года начата подготовка офицеров запаса финансовой службы. Программой были предусмотрены тактическая, общевоенная и военно-специальная подготовка (военная администрация, войсковое хозяйство в/части, денежное довольствие военнослужащих, финансовое хозяйство в/части, организация и техника работы полевых учреждений Госбанка). 
Начальниками военных кафедр были назначены: в МФЭИ – майор Целебрицкий А.М., в МКЭИ – полковник Поляк В.Е., которые в соответствии с приказом Всесоюзного комитета по Высшей школе были включены в состав ученых советов институтов.

На военные кафедры приказами соответствующих инстанций назначались преподавателями как общевойсковые офицеры, так и офицеры финансовой службы: капитан интендантской службы Невлер И.К., капитан интендантской службы Тихомиров Н.Т., майор интендантской службы Стычинский З.Л., старший лейтенант Симкин Л.З., подполковник Щевелев И.А., майор Бекенев М.И., майор интендантской службы Барский А.В., майор интендантской службы Садовский В.С.
Военную подготовку по программе офицеров запаса проходили все студенты, годные по состоянию здоровья по заключению медицинской комиссии.

С объединением МФЭИ и МКЭИ в Московский финансовый институт создаются самостоятельные кафедры военной подготовки и физподготовки и спорта.
Временное исполнение обязанностей начальника кафедры военной подготовки МФИ было возложено на полковника Кошкина М.К., а с марта 1947 г. начальником военной кафедры был назначен  генерал-майор Федотов Александр Александрович, участник войны, который руководил военной кафедрой до увольнения в запас по возрасту в июне 1953 г.

В соответствии с приказом Министерства высшего образования и Главнокомандующего Сухопутными войсками Вооруженных Сил от 16 марта 1948 г. отменена военная подготовка студентов женского пола и в результате проведения организационных мер военная кафедра Московского финансового института была оставлена в составе:
- начальник военной кафедры – генерал-майор Федотов А.А.;
- преподаватели военно-финансовых дисциплин – подполковник Кошарский Л.Б., капитан Тихомиров Н.Т. и преподаватель общевойсковых дисциплин майор Миронов А.В.

В дальнейшем, в отдельные периоды, военную кафедру Московского финансового института, а затем Государственной финансовой академии, Финансовой академии при Правительстве РФ возглавляли: 
- генерал-майор Мерзляков Павел Степанович (1953-1958), участник боевых действий в ВОВ 1941-1945 гг., уволен в запас по возрасту;
- полковник Потёмкин Яков Иванович (1958-1965), участник войны, имевший большой практический опыт работы в войсках, уволен в запас по возрасту;
- полковник Поваров Владимир Степанович (1965-1971), окончил военный факультет при МФИ и адъюнктуру, кандидат экономических наук, доцент, переведен на военный факультет при МФИ;
- полковник Смирнов Сергей Сергеевич (1971-1980), участник войны, окончил Военную академию им. М.В.Фрунзе; до назначения начальником военной кафедры с  1958 г. был старшим преподавателем этой же кафедры, уволен в запас по возрасту;
- полковник Грабарь Жорес Дмитриевич (1980-1988), участник войны, окончил Военный факультет при МФИ, имел практический опыт работы старшего инспектора-ревизора финансовой службы военного округа; до назначения начальником военной кафедры с 1975 г. был начальником учебной части кафедры, уволен в запас по возрасту;
- полковник Гнидкин Иван Сергеевич (1988-1993), окончил Военный факультет при МФИ и с 1967 г. на военной кафедре был преподавателем, старшим преподавателем, начальником учебной части – заместителем начальника кафедры, уволен в запас по возрасту;
- полковник Кутузов Анатолий Константинович (1993-2016), на военной кафедре с 1978 г., был преподавателем, старшим преподавателем, затем окончил Военный финансово-экономический факультет при Финансовой академии и преподавал на кафедре оперативно-тактической подготовки (тыла) факультета. В 2003 году защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата экономических наук.

С 2016 года Военную кафедру возглавляет полковник запаса Литвин Юрий Иванович , кандидат военных наук, доцент. ​

В разные годы, в должности начальника учебной части – заместителя начальника военной кафедры, проходили службу и работали: полковник Кошарский Л.Б., полковник Смирнов С.С., полковник Иванов В.А., полковник Грабарь Ж.Д., полковник Гнидкин И.С., полковник Калинкин Ю.С., полковник Шиманский Ю.И. и подполковник Дорофеев Р.А. 

В должностях доцентов кафедры работали: полковники Гнидкин И.С., Уразов В.И., Абрамов В.А., Толстов С.П. и подполковники Аксенов Н.П. и Ермаков П.А.

В должностях старших преподавателей и преподавателей – подполковники Ремизов И.Д., Жуковский Г.Л., Мозоров И.Д., Пальчун В.М., Рогожин Р.М., Иванов В.А., Гнидкин И.С., Калинкин Ю.С., Макаронов В.К., Яковлев Н.В., Качигуров О.В., Бочков А.К., Никифоров Г.Н., Качалов М.А., Христов М.Ю., Киселевич Н.И., Глевич В.Л., Суховерхов Ю.Н., Буторин Р.Л., Прохоренко Р.В. и Скляров Р.Г., майоры Антонов Б.М., Сурай А.Е., Емельянов Е.В., Непушкин А.А., Тимофеев А.В.

В соответствии с вновь введенной Программой с 1971 г. студенты мужского пола, кроме учебных занятий в ВУЗе, стали проходить месячные учебные сборы в войсках. Учебные сборы студентов Московского финансового института проводились на базе учебного центра Ярославского высшего военного ордена Красной Звезды финансового училища имени генерала армии А.В.Хрулёва. В период учебного сбора студенты располагались лагерем в палатках, практически выполняли упражнения учебных стрельб и другие нормативы по боевой подготовке, участвовали в марш-броске и тактических учениях, в несении караульной службы, занимались специальными военно-финансовыми дисциплинами, принимали военную присягу.

С 1990 года вместо учебных сборов в войсках была введена войсковая стажировка в финансово-экономических органах органах воинских частей и учреждений, где студенты в реальной обстановке практически отрабатывали отдельные вопросы работы начальника финансовой службы – помощника командира воинской части по финансово-экономической работе.

По окончании вуза студентам, прошедшим военное обучение и сдавшим выпускной экзамен, приказом Министра обороны присваиваивалось офицерское воинское звание по запасу – «лейтенант». 

С 1983 по 2011 годы к занятиям по военной подготовке привлекались и студенты женского пола.
По окончании вуза часть студентов-выпускников, прошедших военную подготовку и получивших воинское звание «лейтенант», призывалась на службу в Вооруженные Силы на 2 года, некоторые из них изъявляли желание продолжать службу в войсках в качестве кадровых офицеров.

Среди студентов, успешно проходивших подготовку на кафедре, являвшихся отличниками по военной подготовке, были: Геращенко В.В., Бард В.С., Быков В.М., Ланин Б.Е., Курочкин В.В., Шор К.Б., Сумароков В.Н., Плескановский Ф.А., Шохин Е.И., Солдатов В.В., Кургузов В.В., Арсенов А.В., Орлов Н.Д., Жданов А.Ю., Корольков В.Е., Красавин А.В., Прохоров М.Д., Казьмин А.И., Хлопонин А.Г., Козлов А.В., Антонов И.С., Касьянов О.В., Дутов А.В., Лысов А.П., Успенский В.А., Юданов А.Ю., Овсянников С.К., Симановский А.Ю., Родионов С.С., Шапошников Д.Л. и другие, ныне занимающие высокие должности в финансово-экономической и банковской системах России и Финансовом университете при Правительстве Российской Федерации.

С 1985 по 2014  год военное обучение студентов проводилось по двум военно-учетным специальностям: для службы (работы) в финансово-экономических органах воинских частей (учреждений) и для работы в полевых учреждениях Банка России. Программой военного обучения было предусмотрено 450 часов учебных занятий в вузе и 144 часа на войсковую стажировку.

Военная кафедра была переименована в Военный учебный центр приказом ректора от 06.08.2019 года № 1653/о.

С сентября 2019 года Военный учебный центр проводит обучение по военно-учётным специальностям ракетных войск и артиллерии

 (ВУС 030400; ВУС 030405; ВУС 030406; ВУС 097000; ВУС 140144; ВУС 143181)

К​ачество военного обучения студентов зависит от квалификации и опыта преподавателей, состояния учебно-методической работы и учебной материально-технической базы Военного учебного центра.

Преподавателями Военного учебного центра создана и постоянно обновляется учебно-методическая база военного обучения (тематические планы, графики-календари учебного процесса военной подготовки студентов, тексты лекций, методические указания по проведению занятий, сборники заданий для практических занятий со студентами, наглядные пособия, раздаточные материалы и др.).

Военный учебный центр при Финуниверситете расположен изолированно по адресу: г. Москва, ул. Касаткина, д. 15. По решению ректората Военному учебному центру выделены для нормальной организации учебного процесса помещения и классы, оборудованные для проведения занятий по дисциплинам военного обучения. На занятиях используются технические средства обучения и компьютеры. В Военном учебном центре имеется необходимое для занятий учебное оружие и военно-техническое имущество.