Медицинские услуги обучающимся в Уфимском филиале Финансового университета предоставляются Государственным бюджетным учреждением здравоохранения Республики Башкортостан Поликлиника № 51 города Уфа (ГБУЗ РБ Поликлиника № 51 г.Уфа) и Государственным бюджетным учреждением здравоохранения Республики Башкортостан Поликлиника № 1 города Уфа (ГБУЗ РБ Поликлиника № 1 г.Уфа).
Медицинский пункт в учебном корпусе №2(пристрой) (ул. Революционная, д. 169) обслуживается ГБУЗ РБ Поликлиника № 51 г.Уфа – каб. 113.
Все медицинские услуги предоставляются бесплатно.